Se devi aprire il carter per qualche motivo,dai una controllata al desmo del cambio e relativi leveraggi esterni al suddetto. C'è ne uno che è agganciato da una parte ad una molla e dall'altra ha una rotellina che lavora su un altro pezzo montato sul desmodromico.Quel "pezzo",a me è successo,alle volte si piega un pochino di lato e lavora male nel far innestare le marce.
Adesso magari non si tratta del tuo caso specifico,ma ,come ti ho già detto,se devi aprire per qualche altro motivo,prova a guardare anche li!